Výběr substitučního modelu

Jednotlivé substituční modely se liší komplexitou, počtem volných parametrů, které je potřebné určit. Komplexní modely lépe modelují evoluci DNA, ale zároveň mohou být vzhledem k výpovědní hodnotě dat přeparametrizované. Výběr optimálního modelu je tedy založen na nalezení rovnováhy mezi přesností modelu a schopnosti určit jeho parametry správně.

Hodnotícím kritériem pro výběr substitučního modelu je věrohodnost ( Maximálna vierohodnosť ). Aby byly věrohodnosti mezi modely porovnatelné, musí být vypočítané na základě stejného fylogenetického stromu. Následně se z testovaných modelů vybírá ten, který má nejvyšší věrohodnost vzhledem ke složitosti modelu, pomocí hierarchického testu poměru věrohodností, Akaikova nebo Bayesova informačního kritéria.