Sestavování vícenásobného alignmentu

NJ strom představuje vedoucí strom pro postupné přiřazování dalších sekvencí k vícenásobnému alignmentu. Sestavuje se z matice skóre alignmentů párových porovnání všech sekvencí. Jelikož skóre alignmentu je závislé nejenom na podobnosti sekvencí, ale i na jejich délce, je zjevné, že matice skóre párových alignmentů bude vystihovat genetické vzdálenosti mezi sekvencemi jenom přibližně. Problém bude obzvlášť palčivý, pokud budou některé sekvence různých délek. Vedoucí strom alignmentu bude určitě nesprávný, ale dostatečný k tomu, aby bylo na jeho základě možné sestavit kvalitní alignment.