Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza sekvencí DNA Substituční model Příklady nejběžnějších substitučních modelů

Logo Matematická biologie

Příklady nejběžnějších substitučních modelů

Model popsaný výše se nazývá obecný časově-reverzibilní model (general time-reverzible model, GTR). Naopak, nejjednodušším modelem je model Jukese a Cantora (Jukes-Cantor model, JC; Tab.2). Modely HKY a GTR se používají nejčastěji, přičemž zvyšující se délka studovaných sekvencí umožňuje častěji správně a přesně stanovit parametry GTR modelu. Ten zároveň nejpřesněji modeluje evoluci sekvence DNA.

Tab. 2: Základní substituční modely a jejich charakteristika. Pokud není uvedeno jinak, modely předpokládají stejné frekvence nukleotidových bází a stejné rychlosti substitucí.

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Lékařské fakulty Masarykovy univerzity