Testování substitučního modelu

Substituční modely se porovnávají na základě jejich věrohodností. Věrohodnost (L,  ML) je podmíněná pravděpodobnost, že budeme pozorovat konkrétní data (D) při platnosti dané fylogeneze (T) a substitučního modelu (M).

Z toho vyplývá, že pokud potřebujeme porovnávat substituční modely, je nutné zafixovat fylogenetický strom. Strom, který metody pro výběr optimálního substitučního modelu používají, je NJ strom sestrojený na základě nekorigovaných genetických vzdáleností anebo genetických vzdáleností podle JC substitučního modelu (Tab.2). Strom zůstává zafixovaný a věrohodnost se počítá na základě různých testovaných substitučních modelů.