Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza sekvencí DNA Metoda nejbližšího souseda Algoritmus NJ shlukování

Logo Matematická biologie

Algoritmus NJ shlukování

Metoda NJ využívá iterativní algoritmus, který v každém kroku redukuje matici genetických vzdáleností o taxony, jenž již byly zařazeny do shluků.

  1. Každý prvek matice genetických vzdáleností pro záznamů (sekvencí) se propočítá na vzdálenosti, které zohledňují celkovou divergenci datasetu

    kde jsou všechny ostatní záznamy
  2. Sestaví se matice korigující genetické vzdálenosti vzhledem k celkové divergenci
  3. Určí se minimální hodnota korigovaných vzdáleností

    a spojí dva záznamy a do nového uzlu
  4. Vypočte se vzdálenost původních záznamů k novému uzlu
  5. Vypočte se vzdálenost všech ostatních záznamů k novému uzlu
  6. Smažou se záznamy a , které budou nahrazeny novým uzlem .
  7. Pokud jsou v matici víc jak dva záznamy, algoritmus se opakuje. Poslední dva záznamy se spojí větví dlouhou .

Výpočet jednotlivých kroků demonstruje soubor NJ.xlsx. Analyzuje pět sekvencí dlouhých deset bázových párů z nekorigovaných genetických vzdáleností.

 

NázevZadal
ico Algoritmus NJ (vytvořeno: 19.3.2015)Mgr. Natália Martínková, Ph.D57,19 KB
ico Bayes1 (vytvořeno: 23.3.2015)Mgr. Natália Martínková, Ph.D
 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Lékařské fakulty Masarykovy univerzity