Algoritmus NJ shlukování

Metoda NJ využívá iterativní algoritmus, který v každém kroku redukuje matici genetických vzdáleností o taxony, jenž již byly zařazeny do shluků.

1. Každý prvek matice genetických vzdáleností pro záznamů (sekvencí) se propočítá na vzdálenosti, které zohledňují celkovou divergenci datasetu
   kde jsou všechny ostatní záznamy
2. Sestaví se matice korigující genetické vzdálenosti vzhledem k celkové divergenci
3. Určí se minimální hodnota korigovaných vzdáleností
   a spojí dva záznamy a do nového uzlu
4. V ypočte se vzd álenost původních záznamů k novému uzlu
5. Vy počte se vzdálenost  všech ostatních záznamů k novému uzlu
6. S mažou se záznamy a ,  které budou nahrazeny novým uzlem .
7. Po kud jsou v matici v íc jak dva záznamy, algoritmus se opakuje. Poslední dva záznamy se spojí větví dlouhou .

Výpočet jednotlivých kroků demonstruje soubor NJ.xlsx. Analyzuje pět sekvencí dlouhých deset bázových párů z nekorigovaných genetických vzdáleností.

Název	Zadal
Algoritmus NJ (vytvořeno: 19. 3. 2015)	Mgr. Natália Martínková, Ph.D	57,19 kB
Bayes1 (vytvořeno: 23. 3. 2015)	Mgr. Natália Martínková, Ph.D