Algoritmus NJ shlukování
Metoda NJ využívá iterativní algoritmus, který v každém kroku redukuje matici genetických vzdáleností o taxony, jenž již byly zařazeny do shluků.
-
Každý prvek matice genetických vzdáleností pro záznamů (sekvencí) se propočítá na vzdálenosti, které zohledňují celkovou divergenci datasetu
kde jsou všechny ostatní záznamy - Sestaví se matice korigující genetické vzdálenosti vzhledem k celkové divergenci
- Určí se minimální hodnota korigovaných vzdáleností
a spojí dva záznamy a do nového uzlu - V
- Vy
- S mažou se záznamy a , které budou nahrazeny novým uzlem .
- Po kud jsou v matici v íc jak dva záznamy, algoritmus se opakuje. Poslední dva záznamy se spojí větví dlouhou .
Výpočet jednotlivých kroků demonstruje soubor NJ.xlsx. Analyzuje pět sekvencí dlouhých deset bázových párů z nekorigovaných genetických vzdáleností.
Název | Zadal | |
---|---|---|
Algoritmus NJ (vytvořeno: 19. 3. 2015) | Mgr. Natália Martínková, Ph.D | 57,19 kB |
Bayes1 (vytvořeno: 23. 3. 2015) | Mgr. Natália Martínková, Ph.D |