Proporce nevariabilních pozic

Při analýze vnitrodruhových, vnitrorodových dat anebo dat z krátkých jaderných lokusů, kdy se v alignmentu vyskytuje málo (cca. ) variabilních pozic, určení správného tvaru hustoty pravděpodobnosti rozdělení může být nesprávné. Za takových okolností může být vhodnější rozdělit všechny pozice alignmentu jenom do dvou kategorií – na variabilní a nevariabilní pozice. Proporce nevariabilních pozic (, proportion of invariable sites) představuje očekáváné pozice v alignmentu, které se nevyvíjejí, tedy kde nejsou přítomné žádné substituce. Zároveň ale vypočtené I bude nižší než pozorovaná proporce pozic bez variability kvůli možnosti vícenásobných, a tedy saturovaných, pozic.

Upozornění: V minulosti se často používaly substituční modely, které určovaly zároveň proporci nevariabilních pozic i rozdělení pro heterogenitu mutační rychlosti. To ovšem není optimální, protože pro kategorizuje stejné pozice, které by se měly nacházet v první kategorii pro určování . V současnosti se proto doporučuje spíše zvolit vhodnou možnost vzhledem k dostupným sekvencím.