Pseudoreplikace alignmentu

Pro alignment určité délky se do pseudoreplikací zařazují jednotlivé pozice (sloupce matice) alignmentu (obr. 1). Vybírají se náhodně a vždy se do pseudoreplikace zařadí celá pozice alignmentu pro všechny sekvence ve stejném pořadí (napříč řádky alignmentu). Každá pozice alignmentu může být vybrána opakovaně anebo vůbec. Výběr probíhá až dokud se celková délka pseudoreplikace nerovná délce původního alignmentu.

Výsledná pseudoreplikace pak obsahuje stejné znaky (pozice) jako původní alignment, ale v jiných frekvencích. Na příkladu na obr.1 se pozice 4 vyskytuje v bootstrapové pseudoreplikaci alignmentu třikrát, ale pozice 5 a 6 ani jednou.