Lezení do kopce

Algoritmus lezení do kopce (hill-climbing) byl vyvinutý speciálně pro program RAxML a je určený pro analýzu velkého počtu sekvencí. Zrychlení spočívá v tom, že algoritmus rozdělí strom na dva podstromy a nepřipojuje je na všechny alternativní větve jako TBR, ale jenom na sousedící větve do určité úrovně. Rovněž algoritmus nepočítá věrohodnost pro všechny jednotlivé propojené stromy, ale jenom ho odhaduje z větví v blízkosti propojení. Optimalizuje pak ty nejlepší. Během výpočtu dynamicky upravuje limity, do jaké hloubky stromu bude zkoušet dosadit podstromy a do jaké hloubky bude počítat odhad věrohodnosti pro propojené stromy. Pokud odhad věrohodnosti klesá o určitý limit oproti aktuálně nejlepšímu stromu, analýzu daného rozdělení a spojení stromu zastavuje a přechází na další.