Bayesiánská inference
Bayesiánská inference (BI) je nejspolehlivější a nejrobustnější metoda pro analýzu sekvencí DNA a rekonstrukci fylogeneze. Umožňuje rekonstruovat fylogenezi a zároveň určovat podporu uzlů stromu, ale je trochu náročnější na uživatelskou erudici. Proto budou přímo v textu uváděny ovládací příkazy a nastavení analýzy v programu MrBayes 3.6.
BI vychází z Bayesova teorému:
a znamená to, že BI určuje posteriorní pravděpodobnost hypotézy (strom, model) při datech
(alignment). Z prvků na pravé straně rovnice byla věrohodnost
vysvětlena v kapitole ML.
je pravděpodobnost hypotézy
a priori a
je pravděpodobnost dat
, což je konstanta navržená tak, aby byl součet všech posteriorních pravděpodobností pro všechny stromy rovný 1.
V praxi BI používá Markovovy řetězce Monte Carlo (MCMC) k prohledávání krajiny stromů. Nehledá napříč celou krajinou stromů, ale jenom v oblastech, které jsou omezené priorními předpoklady. Pokud nalezne oblast krajiny stromů s vysokou věrohodností, vzorky, které zde otestuje a uloží budou tvořit posterior. Sumarizace posteriorní vzorky pak poskytne robustní fylogenezi.
