Nukleotidový blast

Soubor programů, které využívají sekvenci DNA na prohledávání genetických databází, má rozdílnou citlivost a cíl prohledávání.
Megablast – výchozí program skupiny nukleotidových blastů, který vyhledá velmi podobné sekvence. Je ideální pro identifikaci genu a organizmu z již známých údajů.
Používá nejdelší slova.
Discontiguous megablast – dohledá méně podobné sekvence než megablast pomocí vyhledávání kratších počátečních slov, které navíc můžou v nalezené sekvenci obsahovat indely. Vhodný, když očekáváme <80% shodu sekvencí.
Blastn – umožňuje vyhledávat velmi krátká slova (≥7 bází) a tím nalézt i málo podobné shody. Je ale nejpomalejší. Pokud se dá očekávat rozdílná vnitřní struktura sekvence (rekombinace, GMO, alternatívní slicing), je vhodné pustit blast na kratším úseku sekvence.