Inserce a delece

Indely nejsou do modelování substitučního modelu nijak zahrnuty, jelikož celá abeceda , se kterou substituční model pracuje, obsahuje jenom čtyři prvky nukleotidových bází. Metody fylogenetické rekonstrukce, které využívají substituční model, indely ignorují jako chybějící údaj.

Otázka: Proč je důležité při sestavování alignmentu získat indely správné délky na správných místech, když jejich informace následně nebude využita?

Indely v alignmentu hlavně správně seřadí sekvenci DNA tak, aby na jednotlivých pozicích byly homologické nukleotidové báze.

Pokud výzkumník očekává v indelech významnou informaci, může z nich vytvořit samostatnou partici binárních dat. U parsimonie, která hledá nejkratší strom, může být někdy indel kódován jako pátá báze. Jenomže u insercí a delecí není jeden mutační krok vždy jenom získání nebo odstranění jedné nukleotidové báze. Délka fragmentu, kterého se taková mutace týká, může být různě dlouhá. Inkorporace informace z indelů je potenciálně užitečný krok u silně variabilních alignmentů, ale vyžaduje kritický přístup.