Postup sestavování kontigu

Sestavení kontigu (obr. 3) je v komerčních programech (CodonCode Aligner, Geneious, Sequencher) často automatizované, ale je dobré uvědomit si jednotlivé kroky pro případné řešení komplikací.

1. Vyvolat analýzu kvality signálu v obrazovém souboru sekvence (některé soubory již tuto informaci obsahují. Skóre kvality – je dostatečně dobré) – base calling.
2. Určit, která část sekvenovaných úseků má příliš nízkou kvalitu a vymazat ji
   1. Některá čtení můžou selhat (obr. 1).
   2. Konce úseků čtení mají nízkou kvalitu – trim ends.
   3. Pokud byl v laboratoři použitý k amplifikaci bakteriální vektor (klonování), je nutné jej vymazat – vector editing.
3. Určit, které sekvence by měli být zpracované jako reverzně komplementární.
4. Zarovnat čtení tak, aby se maximálně shodovaly osekvenované nukleotidové báze.