Genomické ostrovy

Genomické ostrovy jsou úseky v genomu, které daný organizmus získal horizontálním přenosem genů, tzn. jinak než z přímých předků na potomky. Horizontálním přenosem můžou organizmy skokově získávat nové vlastnosti, jenž jsou často adaptivní. Typickým příkladem je přenos plazmidů kódujících geny pro rezistenci vůči antibiotikům mezi nepříbuznými bakteriemi. V nemocničním prostředí, kde dochází relativně často ke kontaktu různých patogenních kmenů, je rezistence vůči antibiotikům silně selektována a nositeli přináší výhodu. Kromě rezistence k léčivům jsou velké skupiny známých horizontálně přenesených genů takové, které kódují využití nových substrátů u mikroorganizmů (včetně schopnosti napadnout živé tkáně), toleranci k podmínkám prostředí (odlišné pH nebo teplota), včlenění retrovirů do genomu, a pod.

Horizontálně přenesené geny se můžou inkorporovat i přímo do genomu a v takovém případě jim říkáme genomické ostrovy. Sekvence DNA, která pochází z jiného organizmu, bude mít obsah charakteristický pro původní organizmus. Sensor obsahu, např. obsah GC nukleotidových bází, bude indikovat nejenom potenciální kódující sekvence, ale i velice zajímavé genomické ostrovy. Genomický ostrov může taky kódovat  sekvenci proteinu, který je známý u jiného organismu nebo který má u jiných organismů vysokou expresi.

Při anotaci genomické sekvence má identifikace genomických ostrovů značný význam. V nich kódovaná informace bude mimořádně zajímavá a může vést k zásadním objevům.