Topologie

Pořadí větvení a definici rekonstruovaných vztahů si budeme demonstrovat na obr. 3. Taxon A se oddělil od společného předka jako první a považujeme ho za nejstarší. Taxon B je pak sesterský ke skupině C a D. Dvojice C a D tvoří monofyletickou skupinu, která představuje nejmladší větvení.

Vztahy, které se na fylogenezi interpretují, jsou trojího typu:

1. Monofýlie – všechny větve a jejich nejmladší společný předek patří do skupiny.
2. Parafýlie – skupina obsahuje společného předka, ale neobsahuje všechny větve, které od společného předka vedou.
3. Polyfýlie – skupina neobsahuje nejbližšího společného předka.

Plně rozlišený strom je takový, u kterého ze všech vnitřních uzlů vedou právě dvě dceřiny větve. Z toho pochází taky název binární strom a uzlu s dvěma dceřinými větvemi se říká bifurkace. Stromy, kde se nedá u všech uzlů určit pořadí větvení anebo toto není podpořené, jsou nerozlišené stromy, které obsahují polytomie neboli multifurkace.

Zobrazena fylogeneze může být zapsána v závorkovém formátu zvaném newick:

((B,(C,D)),A);

Newick formát závorkami ohraničuje skupiny taxonů a čárkami odděluje uzly. Na konci zápisu vždy musí být středník. Pokud strom obsahuje informace o délce větví a podpoře uzlů, tyto mají své vlastní místo v newick zápisu stromu. Délka větví se píše hned za název sekvence anebo uzavírací závorku a odděluje se dvojtečkou.

((B:1,(C:0.5,D:1):1.5):0.5,A:3);

Podpora uzlů se píše přímo za uzavírací závorku.

((B:1,(C:0.5,D:1)100:1.5)71:0.5,A:3)100;