Čtení fylogenetického stromu

Fylogenetika se v genomické éře uplatňuje ve všech fázích získávání a analyzování molekulárně genetických dat. V předchozích kapitolách těchto učebních textů se fylogeneze zobrazovaly v genomových prohlížečích (Ensembl, GenBank) při sledování vztahů ortologů a paralogů genů ( databáze), při vizualizaci diverzity nalezených sekvencí z výsledků blastu ( Blast), při sestavování alignmentů jako vedoucí strom ( Alignment), nebo při komparativní predikci genů (Anotace).
Fylogenetický strom (phylogenetic tree, phylogeny) je grafická reprezentace vztahů mezi objekty, které odrážejí evoluční historii objektů. Na rozdíl od dendrogramů vzniklých shlukovaním nezkoumají fylogenetické stromy jenom podobnost objektů, ale i cestu, jak se k ní dopracovaly (ale pozor na stromy vytvořené metodou nejbližšího souseda (NJ)).
Představu čtení fylogenetického stromu můžeme získat z formálního opisu jeho částí, nebo pomocí analogie s běžným stromem v parku.