Blast využívající překlad DNA do sekvence aminokyselin a opačně

U DNA sekvencí, u kterých je známá anotace protein-kódujících genů, je vyhledávání podobných aminokyselinových sekvencí uživatelsky jednoznačné. Ale pokud anotace není zatím známá ( Anotace), vyhledávání pomocí překladu mezi sekvencí DNA a proteinu bude výhodné.
Blastx – vstupní údaje jsou sekvence DNA a informace o genetickém kódu, který se má použít pro překlad do sekvence aminokyselin. Program přeloží otevřené čtecí rámce zájmové sekvence a přeloženou sekvenci hledá v proteinové databázi GenBanky (Protein).
Tblastn – vstupní údaje jsou sekvence aminokyselin. Program vyhledává v nukleotidových databázích (výchozí je Nucleotide) takové sekvence, které korespondují k zadané proteinové sekvenci.
Tblastx – vstupní údaje jsou sekvence DNA a genetický kód, který se má použít. Program prohledává nukleotidové databáze, které překládá, proti přeložené zájmové sekvenci.