Frekvenční matice

Rychlost jednotlivých typů substitucí vzhledem k ostatním vyjadřuje frekvenční matice (rate matrix - ). Zaužívaný český název poněkud nešťastný, jelikož matice udává rychlost a ne frekvenci substitucí, ale ve speciálním případě je název frekvenční matice akceptovatelný. Součástí substitučního modelu je i mutační rychlost (viz níže), takže rychlost substituce z konkrétní nukleotidové báze na kteroukoliv jinou za určitý čas bude představovat četnost substituce vztaženou k mutační rychlosti. Pokud předpokládáme , frekvenční matice je adekvátní reprezentace jejího obsahu.

Upozornění: Uvědomte si rozdíl v obsahu a použití mezi frekvenční a skórovací matice (z kapitoly Alignment).

Frekvenční matice má při velikosti 4x4 šest volných parametrů. Ostatní hodnoty se dopočítávají tak, aby a součty řádků matice = 0, pomocí vektoru frekvence bází.