Oddělení druhů

Divergence jednotlivých druhů představuje divergenci na makroevoluční úrovni, kdy se musí odlišit skupiny jedinců. Odlišení probíhá akumulací mutací, které se šíří v populaci. Každá mutace původně vznikne u jednoho jedince, takže její frekvence v populaci velikosti je . Frekvence mutace se v populaci může zvyšovat mezigeneračně, pokud budou její nositelé přežívat, genetickým driftem nebo pozitivní selekcí. Zde je důležité uvědomit si, že pro šíření mutací v populaci je vhodnější používat efektivní velikost populace (), jelikož ta představuje počet geneticky jedinečných jedinců, kteří svou genetickou informací přispěli do příští generace. Při diverzifikací druhů je tedy důležitý generační čas () a efektivní velikost populace.

Stromu druhů (species tree) bude mít délku větví rovnou . Ze sekvencí DNA se strom druhů bude odhadovat na základě divergencí jednotlivých lokusů. Moderní metody umožňují i začlenění informace o vnitrodruhové variabilitě, čímž se víc přibližujeme rekonstrukci divergenci na druhové úrovni.

Rekonstrukce stromu druhů z genetické informace má dva základní přístupy podle toho, jaká vstupní data používá: supermatice a superstromy. Supermatice využívající přímo sekvence DNA z mnoha lokusů, superstromy kombinují již zpracované genové stromy (gene tree) z jednotlivých lokusů. Stromy druhů ze supermatic budou přesnější, ale ty ze superstromů bude možné sestavit pro mnohem větší datasety, protože metody jsou rychlejší.