Predikce jiných RNA molekul

Geny kódující proteiny se překládají do mRNA a jejich predikce je v samostatných podkapitolách. Ostatní RNA molekuly predikujeme jinými metodami.

tRNA – transferová RNA musí mít specifickou strukturu, aby mohla úspěšně přenášet aminokyselinu k ribozomu a správně se navázat antikodonem na kodon mRNA. Program tRNAscan vyhledá kandidátní sekvence, které by mohly představovat tRNA geny, na základě predikce promoterových sekvencí. Tyto kandidáty následně ověří tak, že se pokusí sestavit sekundární strukturu tRNA molekuly a zhodnotí, zda se jedná o funkční gen. Program je natolik spolehlivý, že i když vznikl v minulém století, dodnes se používá.

rRNA – ribozomální RNA je nejčastěji predikována na základě homologie se známými sekvencemi (blast) anebo pomocí skrytých markovových modelů (HMM – hidden Markov model). HMM se nejdřív natrénují na známých datech z již anotovaných rRNA sekvencí a takto parametrizovaný model používají k vyhledávání dalších kandidátních genů.

sRNA – malé RNA mají regulační funkce v buňce. V současnosti se ně zaměřuje intenzivní výzkum a jejich klasifikace na hlavní rodiny je v databázi Rfam. Predikci sRNA molekul komplikuje fakt, že jsou různé délky, nemají ustálenou sekvenci mezi vzdáleně příbuznými organizmy ani sekundární strukturu a není u nich znám odlišitelná frekvence bází nebo oligonukleotidů (jako obsah GC u protein-kódujících genů). Jejich detekce je založena na hledání podobných sekvencí známých sRNA a ověřují se pomocí studia termodynamické stability molekuly nebo její sekundární struktury. V současnosti jsou tyto metody málo spolehlivé z výše uvedených důvodů.