Výstupy z výukové jednotky

Student:

• naplánuje alternativní metody, jak zjistit, zda má daná sekvence požadované vlastnosti - gen, lokalizace genu, taxonomické zařazení
• popíše princip vyhledávání algoritmem blast
• zvolí nastavení parametrů blastu pro získání informací o sekvencích rozličné délky a komplexnosti
• vysvětlí výsledky z vyhledávání blastem vzhledem k hodnotám skóre alignmentu, identitě, pokrytí a E-hodnotě
• zhodnotí výsledky vyhledávání vzhledem k požadovaným vlastnostem

Vyhledávání sekvencí DNA pro vybraný gen nebo organizmus je dostupné přímo přes webové rozhraní genetických databází (Databáze). Vyhledávání je ale možné také pomocí samotné sekvence DNA, kde prohledáváme genetické databáze na základě podobnosti se zájmovou sekvencí. Algoritmus, který toto umožňuje, se nazývá blast a společně se svými variantami je schopen dohledat podobné sekvence DNA nebo i sekvence aminokyselin.