Priory

Bayesiánská inference neprohledává celou škálu možností v krajině stromů. Rozsah prohledávané krajiny navrhuje uživatel před samotnou analýzou na základě předchozích znalostí o studovaném systému, anebo navrhne neinformativní priory, které prohledávanou krajinu omezují málo.

Priorní limity se navrhují jak pro substituční model, tak i pro strom:

Substituční model (Substitucni Model) má priorní limity pro všechny volné parametry modelu, pokud jsou povoleny. Pro model by to byly priory pro vektor frekvence bázi , frekvenční matici a parametr z rozdělení, které modeluje heterogenitu rychlosti evoluce mezi pozicemi alignmentu.

lset nst=6 rates=gamma;

Topologie může být omezena volbou sesterské skupiny (outgroup) pro zakořenění stromu. Prior se definuje taky pro délku větví stromu.
Prior představuje určité rozdělení, ze kterého se s určitou pravděpodobností vybírají hodnoty daného parametru.