Využití fylogenetické informace

Fylogenetická rekonstrukce má jasné využití v určování vztahů organizmů, hledání stromu života a při hodnocení biodiverzity. Zároveň se uplatňuje při pochopení funkce biologických systémů.

• Porovnání stromů z různých genů, genové duplikace a změna funkce genů.
• Detekce horizontálního přenosu genů.
• Konvergence - podobný tvar proteinů u různých skupin.
• Evoluce vztahů mezi hostiteli a parazity.
• Identifikace interagujících proteinů, protože ty se často vyvíjejí společně.
• Podobnost společenstev mikroorganizmů v těle a jejich souvis s onemocněními.