Vzdálenosti taxonů

Vzdálenosti se na fylogenetickém stromě interpretují výlučně ve směru od kořene ke špičkám. Tento směr představuje délku větví, čili fylogenetickou vzdálenost. Jiné směry umožňují lepší čitelnost a estetičnost fylogeneze, ale spojovací čáry nepředstavují délku větví (obr. 3).

Délka větve reprezentuje počet změn na dané větvi a tvoří ji kombinace mutační rychlosti a času. Jednotky délky větví ve fylogramu se uvádějí v počtu substitucí na jeden bázový pár alignmentu (na jednotku času, která byla použita v substitučním modelu – Substituční Model). Časový komponent se uvádí v případech, kdy je známá mutační rychlost. Délka větve fylogenetického stromu říká, kolikrát zmutovala DNA od větvení ve starším uzlu po (špičku) větvení v mladším uzlu.

Jelikož délka větve fylogenetického stromu představuje evoluční změnu v čase, relativní délky větví mají biologický význam. Pokud je nějaká větev delší, linie se vyvíjela nezávisle déle anebo na ní působila vyšší mutační rychlost.

Čtením délek větví můžeme přímo získat představu o možných biologických jevech, které na zkoumaný systéme působily a ty následně testovat. Mutační rychlost má dědičný komponent, protože substituce, jako chyby v kopírování genetické informace, vznikají z nepřesné práce DNA polymerázy a/nebo neschopnosti reparačních mechanismů chybu odhalit a opravit. Takže to, jakou rychlostí DNA mutuje u předka, se do určité míry odrazí v mutační rychlosti u potomka. Jestli se mutační rychlost ve stromu mění skokem, znamená to, že na daný gen (nebo něco v jeho vazbové skupině - hitchhiking) působí v dané linii selekční tlak.

Bohužel, stejně se projeví i chyba při sestavování datasetu a nesprávný alignment.