R a jeho knihovny specializované na analýzu biodiverzity
Software R je univerzálním, volně šiřitelným nástrojem pro analýzu dat (www.r-project.org). Pro software R je k dispozici celá řada knihoven (packages) pro analýzu biodiverzity:
Vegan
Jari Oksanen, F. Guillaume Blanchet, Roeland Kindt, Pierre Legendre, R. B. O'Hara, Gavin L. Simpson, Peter Solymos, M. Henry H. Stevens and Helene Wagner (2011). vegan: Community Ecology Package. R package version 1.17-10. http://CRAN.R-project.org/package=vegan
- poskytuje nástroje pro analýzu diverzity a složení společenstva
- poskytuje nástroje pro vícerozměrnou analýzu dat.
Labdsv
- ordinační analýza především pro data o rostlinných společenstvech.
BiodiversityR
Kindt, R. & Coe, R. (2005) Tree diversity analysis. A manual and software for common statistical methods for ecological and biodiversity studies. World Agroforestry Centre (ICRAF), Nairobi. ISBN 92-9059-179-X:
- poskytuje GUI (Graphical User interface),
- statistické funkce využívající knihovnu “ vegan“,
- analýza biodiverzity a ekologických společenstev zahrnující indexy diverzity, Renyiovy profily, zobecněné lineární modely pro analýzu druhové abundance a presence-absence, matici vzdáleností, Mantel test, shlukovou analýzu, přímou a nepřímou ordinační analýzu.
