Analýza hlavních koordinát – PCoA (klasické, metrické škálování MDS)

Vstupem do PCoA je asociační matice podobnosti, popřípadě nepodobnosti mezi vzorky, která se vypočítá z původní matice. Metoda je použitelná na druhová data, která obsahují velký počet dvojí nepřítomnosti (druhová přítomnost/nepřítomnost nebo abundance jednotlivých druhů). A to díky tomu, že matice vzdálenosti může být počítána na metrikách, které umí problém dvojí nepřítomnosti odstranit. V ordinačním diagramu jsou podobná nebo blízká pozorování vyznačena blízko sebe a pozorování odlišná jsou od sebe dále.

Na rozdíl od běžných ordinačních analýz nespecializovaných na analýzu biodiverzity, kdy hlavní komponenty jsou lineární kombinací originálních nebo standardizovaných proměnných, jsou koordináty v PCoA funkcemi originálních proměnných zprostředkovanými přes funkci podobnosti nebo vzdálenosti.