Kanonická analýza

Všechny zatím zmíněné techniky vícerozměrných metod byly nepřímé (unconstrained ordination). Počítají nad proměnnými, kde není definovaná závislá a nezávislá proměnná, a snaží se získat model z těchto proměnných bez ohledu na jiné proměnné, které nejsou v této sadě proměnných obsaženy.  Nepopisují vztah mezi tímto modelem a kauzálními faktory, ani neinformují, jak zacházet se vzniklým modelem. Pouze nám popisují hlavní model, inherentní pro daná data. Nepřímé ordinační techniky bohužel neřeknou, co nalezený model v datech znamená a čím je způsoben.  Osy v nepřímých ordinacích jsou nejdůležitější gradienty v datech, přesto bývá jejich interpretace značně složitá.  Interpretace ekologického významu os musí být spojena s jiným ekologickým faktorem v izolované sekundární analýze. Často je lepší rovnou umístit jednu část proměnných na osu, která je kombinací druhé části proměnných, zvláště když první proměnné jsou druhová data (abundance) a druhé jsou environmentální proměnné. Tomuto se říká přímá ordinace (constrained ordination).

Při tomto druhu vícerozměrné analýzy rozdělujeme datovou matici do dvou skupin: první jsou nejčastěji druhová data, označovaná také závislé proměnné nebo také matice Y, a druhou skupinou bývají environmentální proměnné, které označujeme jako nezávislé, vysvětlující nebo matici X.