Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Základní schémata statistické analýzy dat Porovnávání skupin Testování hypotéz u genomických a proteomických dat
Logo Matematická biologie

Limma - Linear Models for Analysis of Microarrays

Další metodou, která využívá moderovanou statistiku je limma, metoda, kterou ve své dizertační práci navrhl G.K. Smyth (2004).

Limma je zkratka od linear models for microarray data analysis a již z názvu je zřejmé, že se jedná o lineární regresi. Na rozdíl od SAM je variabilita vyhlazená s pomocí empirických bayesovských metod.

Společně s metodou vyvinul Smyth také R balík s názvem limma, který nainstalujete jednoduše:

> biocLite(“limma“)
> library(limma)
 

V další kapitole si ukážeme na konkrétním příkladu analýzu s pomocí SAM i s pomocí limma.

 
Literatura:
Smyth, G. K. (2004). Linear models and empirical Bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, Volume 3, Article 3. http://www.bepress.com/sagmbvol3/iss1/art3
 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Lékařské fakulty Masarykovy univerzity