Analýza genomických a proteomických dat |
Současné výzvy a technologie genomiky a proteomiky |
Analýza sekvencí DNA |
Výstupy z výukové jednotky |
Úvod |
Moderní technologie analýzy genomu a proteomu a jejich datové výstupy |
Bioinformatika a statistika v analýze genomických a proteomických dat |
Princip a rozdělení DNA mikročipů |
Typy dat a potřeba jejich úpravy |
Základní kroky analýzy genomických a proteomických dat |
Standardy analýzy genomických a proteomických dat |
Software pro analýzu |
Příklady k procvičení |
Úvod |
Výstupy z výukové jednotky |
Základní kroky DNA mikročipového experimentu |
Výroba DNA mikročipového sklíčka |
Rozdělení mikročipů |
Příklady k procvičení |
Analýza obrazu (kvantifikace signálu) DNA mikročipů |
Výstupy z výukové jednotky |
Úvod |
cDNA mikročipy |
Oligonukleotidové mikročipy |
Příklady k procvičení |
Literatura |
Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů |
Výstupy z výukové jednotky |
Úvod |
Kontrola kvality |
Normalizace cDNA mikročipů a vytvoření finální datové matice |
Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů |
Normalizace v rámci mikročipu |
Příklady k procvičení |
Literatura |
Předpoklady normalizace uvnitř čipu |
Základní princip a metody normalizace uvnitř čipu |
Prostorová normalizace |
Normalizace na intenzitu pozadí |
Normalizace odchylek barviva |
Normalizace mezi mikročipy |
Sumarizace a vytvoření finálního datového souboru |
Výstupy z výukové jednotky |
Úvod |
AffyBatch - R datová struktura pro oligonukleotidové mikročipy |
Kontrola kvality |
Normalizace a sumarizace |
Příklady k procvičení |
Literatura |
Základní schémata statistické analýzy dat |
Výstupy z výukové jednotky |
Porovnávání skupin |
Analýza arrayCGH |
Analýza genových sad |
Výpočet velikosti účinku |
Testování hypotéz u genomických a proteomických dat |
Praktický příklad analýzy |
Objevování skupin |
Predikce skupin |
Analýza přežití |
Příklady k procvičení |
Databáze genových sad/pathways |
Nástroje pro analýzu genových sad |
Studijní materiály a software |
Analýza dat hmotnostní spektrometrie |
2D gelová elektroforéza |
Veřejně dostupné databáze dat |
Příklady k procvičení
1. Co je to spotování?
Proces tvoření cDNA mikročipu - robotické umisťování předem připravených cDNA sond na mikročipové sklíčko v pravidelných rozestupech.
2. Jak se jmenuje mikročipová technologie, která slouží k detekci vazebných míst proteinů na DNA?
Tato technologie se nazývá ChIP-on-chip.
3. Vyjmenujte tři základní rozdíly mezi cDNA mikročipem a oligonukletidovým mikročipem?
- délka sond: cDNA mikročipy mají sondy o délce 500-5000 bp, oligonukleotidové o délce 25 bp
- typ výroby: cDNA čipy vznikají spotováním, oligonukleotidové (Affymetrix) in-situ syntézou
- sonda vs sada sond: vzhledem ke krátké sekvenci sond u oligonukleotidových (Affymetrix) mikročipů je cílová sekvence reprezentována sadou sond (angl. probeset)
