Kontrola kvality na základě parametrů Affymetrix

Balík simpleaffy implementuje základní funkce, které počítají sumarizace parametrů kvality GeneChip mikročipu (výuková jednotka Princip a analýza obrazu DNA mikročipů, Parametry kontroly kvality)

> library(simpleaffy)

> Data.qc = qc(Data)

Podle návodu Affymetrixu by průměrné hodnoty pozadí měly být porovnatelné, v našem případě má čip 2 celkem porovnatelné hodnoty, ale čip 14 naopak hodnoty pozadí vysoké:

> avbg(Data.qc)

    1         2         3         4         5         6         7        14

 67.34494  68.18425  42.12819  61.31731  53.64844  49.39112  75.14030 128.41264

Škálové faktory by se neměly lišit více než třikrát, u čipů 7 a 14 nalézáme velice nízkou hodnotu:

> sfs(Data.qc)

4.905489  9.765986 10.489529  7.053323  7.561613 13.531238  3.394921  2.475224

Procento přítomných sond by mělo být také porovnatelné, přičemž extrémně nízké hodnoty jsou znakem nízké kvality. V našem případě je na tom nejhůř čip 6.

> percent.present(Data.qc)

1.present  2.present  3.present  4.present  5.present  6.present  7.present

  26.53124   21.65158   25.58181   23.53279   23.35615   17.96423   25.98808

14.present

  25.25061

Nakonec, 3’/5’ poměry našich dvou kontrolních sond by neměly překročit hranici tří, v našem příkladu tedy nenalézáme problém s degradací RNA.

> ratios(Data.qc)

actin3/actin5 actin3/actinM gapdh3/gapdh5 gapdh3/gapdhM

1      0.3235390   -0.19439139    0.05796629   0.124796386

2      0.9697007    0.12291462    0.16387418   0.186060416

3      0.4661537   -0.14331962   -0.15570382   0.087257801

4      1.2567868    0.15861351    0.57552773   0.321293776

5      0.6036608    0.02095918   -0.14019396  -0.202502205

6      0.3798125   -0.15918419   -0.01830517   0.272162574

7      0.1798010   -0.17254313    0.02265892  -0.002148196

14     0.6715308    0.02916033    0.24674941   0.218833162