Normalizace na intenzitu pozadí

Jestli jsme se rozhodli provést normalizaci na signál pozadí, měl by tento krok následovat po normalizaci prostorových odchylek.

Jestliže předpokládáme, že efekt pozadí je aditivní, pak intenzity pozorovaného spotu jsou součty intenzity pozadí a skutečného signálu, takže nejjednodušší přístup k odhadnutí skutečného signálu (TS) je odečíst signál pozadí (BS) od pozorovaného signálu spotu (OS):

	(3.3)

Signál pozadí se odhaduje různými metodami, principy, výhody a nevýhody jsme již diskutovali výše (viz výuková jednotka Princip a analýza obrazu DNA mikročipů, Kvantifikace signálu).