Úprava dat

Stejně jako mikročipový experimenti 2-DE je vystavená experimentálním chybám, které jsou zdrojem šumu.

Je tedy nutná úprava a normalizace dat.

Neexistuje tu ale taková automatická kvantifikace spotů jako u microarrays, protože spoty nejsou předem fixně dané! Existující kvantifikace vyžaduje manuální úpravu. Vyskytují se zde proměnné kvality spotů.

Data z 2DE nejsou normálně rozložená, tudíž je nutná transformace (log).
 

Normalizace: Důležitým krokem v úpravě dat je kalibrace všech expresních hodnot a gelů navzájem. V tomto procesu se odstraňuje prostorový efekt, ale také efekt barviva. Na každém gelu jsou kontrolní proteiny, podle kterých gel kalibruje.

Také je nutná kontrola kvality spotů pomocí boxplotů a histogramů, viz obrázky níže.