Kontrola kvality s pomocí základních diagnostických grafů

Úplně první z diagnostických grafů, které doporučujeme vykreslit, jsou krabicové grafy a hustoty rozložení logaritmovaných hodnot intensit sond u všech mikročipů. Již tyto nám dokáží napovědět, je-li rozložení intensit nerovnoměrné po celém čipu, nebo došlo k prostorovému efektu (obrázek 4.3).

> par(mfrow=c(1,2))

> boxplot(Data, las=1, ylab="log intensity")

> hist(Data, las=1, col=c(1:8), lty=1)

> legend("topright",col=c(1:8), lty=1, legend=c(1:7,14))

Obr. 4.3: Krabicové grafy a grafy hustot rozložení intensit sond oligonukleotidových mikročipů.

Všimněte si v krabicovém grafu u mikročipu 14 celkově vyšší intensity signálu. Naopak, graf hustot odhaluje u mikročipu 2 binomiální rozdělení, což může poukazovat na problém s prostorovými efekty na sklíčku. Podobně jako u cDNA mikročipů, i u oligonukleotidových čipů může dojít k prostorovému efektu nerovnoměrné hybridizace, která se pak také odhaluje pomocí heatmapy virtuálně zrekonstruovaného mikročipu (obrázek 4.4):

> par(mfrow=c(1,2))

> hist(Data[,2], las=1, col=2, lty=1)

> image(Data[,2])

Obr. 4.4: Graf hustoty (vlevo) a virtuální rekonstrukce oligonukleotidového mikročipu (vpravo) pro odhalení prostorových efektů. Na heatmapě je vlevo vidět oblast nízkého signálu.

Efekt barviva není problémem, protože máme pouze jeden kanál.

Jako další lze podobně jako u cDNA čipů vykreslit MA graf, avšak protože nemáme dva kanály, M a A hodnoty (viz rovnice 2.1 a rovnice 3.1) se buď počítají mezi dvěma mikročipy, nebo úlohu referenčního kanálu zastoupí uměle vytvořený referenční pseudo-mikročip, vytvořen z mediánových hodnot sond všech mikročipů, jak je implementováno ve funkci Maplot (obrázek 4.5):

> windows(12,7)

> par(mfrow=c(2,4), mar=c(2,2,3,1))

> MAplot(Data, cex=0.75, las=1)

> mtext("M", 2, outer=T, line=-1.5, las=1)

> mtext("A", 1, line=2, at=-6)   

Obr. 4.5: MA graf intensit signálů sond mikročipů vs intensity signálů uměle vytvořeného pseudo-mediánového čipu.

MA graf reflektuje rozložení intensit mikročipů a také jejich problémy. Signál čipu 3 a 6 jsou obecně nižší a čipu 7 a 14 vyšší než medián (jak je ostatně patrno i z krabicových grafů). U čipu 2 je nelineární efekt nejvýraznější, a reflektuje prostorový problém s nízkou intensitou signálu v levé části čipu.