Procento nekvalitních měření

Například vysoké procento nekvalitních spotů poukazuje na nekvalitní sklíčko. Jestliže se tento problém vyskytuje náhodně u jednoho nebo více sklíček v experimentu, zřejmě se jedná o nekvalitně provedenou hybridizaci nebo skenování. V případě že nalézáme vždy téže nekvalitní spoty na všech, nebo podstatné části mikročipů, jedná se zřejmě o výrobní chybu – chybu spotování - mikročipu.

Mikročipy, které obsahují více než 25% nekvalitních spotů by měly být z experimentu úplně odstraněny, vzhledem k povaze dalších normalizačních procedur, které využívají informaci o expresi všech transkriptů. Jedná-li se o systematickou chybu u všech sklíček, je možné uvažovat o zachování všech mikročipů v analýze, ale tento problém je potřeba brát do úvahy v dalších analýzách a interpretaci výsledků. Například v případě, že sondy nejsou umístěny na sklíčku náhodně, ale bloky spotů představují skupiny transkriptů stejné biologické funkce, budou výsledky zkresleny. Takovéto experimenty se systematickou chybou spotování je pak vzhledem k velkému počtu chybějících hodnot obtížné, ne-li nemožné analyticky porovnávat s jinými experimenty.

Obr. 3.2: Heatmapy virtuální rekonstrukce poměru intensit spostů kanálů dvoukanálových cDNA mikročipů. A. Mikročip bez prostorové odhchylky. B. Mikročip s jasnou prostorovou odchylkou.