Software pro analýzu

Snad až na několik výjimek, jakými jsou například programy pro analýzu obrazu, budou praktické příklady celé této učebnice prováděny ve volně dostupném softwaru R [http://www.r-project.org/]. Ačkoliv má tento systém svoje rezervy v analýze opravdu rozsáhlých datových matic, je zároveň nejrozšířenějším v oblasti analýzy genomických a proteomických dat a jeho nástavba Bioconductor [http://www.bioconductor.org/] je pro tyto data přímo určena. Většina nových analytických řešení v této oblasti nabízí algoritmické řešení v R v podobě knihovny již v době publikace, proto jsou nejnovější metody dostupné ihned.

Jiné metody, jako například SAM (significance analysis of microarrays) [http://statweb.stanford.edu/~tibs/SAM/] jsou k dispozici také v programu EXCEL, nebo jsou programovány pouze v Javě (například StepMiner 1.0 [http://chicory.stanford.edu/sahoo/public/StepMiner/]).