AffyBatch - R datová struktura pro oligonukleotidové mikročipy

AffyBatch je datová struktura, která obsahuje jednak základní matice intensity všech mikročipů v experimentu (na úrovni sond – probe level), a jednak další volitelné informace o jednotlivých vzorcích v experimentu (například typ nádoru, ze kterého byl vzorek odebrán, věk pacienta, pohlaví...).

 Načteme knihovnu affy pro základní práci s Affymetrix GeneChip daty:

> library(affy)

Vytvoření datové struktury AffyBatch budeme demonstrovat na příkladu mikročipů z experimentu porovnávajícího ER (estrogen receptor) pozitivní a ER negativní karcinomy prsu.  Pomocí funkce ReadAffy načteme základní datové matice (CEL soubory) našeho příkladu do datové struktury AffyBatch.

> breast = ReadAffy(celfile.path="Raw/")

> sampleInfo=read.csv("sampleInfo.csv",header=T, row.names=1)

Názvy čipů upravíme, odstraníme koncovku ".CEL" a odstraníme předponu:

> ns = length(sampleNames(breast))

> nm = unlist(strsplit(sampleNames(breast), split=".", fixed=TRUE))[seq(1,2*ns,2)]

> sampleNames(breast) = substring(nm, 11, nchar(nm))

> sampleInfo = sampleInfo[sampleNames(Xraw),]