Nástroje pro analýzu genových sad

V předchozí analýze jste získali informaci o tom, které geny jsou statisticky významné (mezi skupinami, pro přežití...).  Do jakých genových sad - pathways ale tyto geny patří?

Nástroje pro analýzu genových sad se liší podle toho, s jakou informací pracujeme na:

1. Metody dělící hranice: Berou v úvahu pouze informaci významný versus nevýznamný gen - pracují pouze se seznamem významných genů.
2. Metody celého seznamu genů: Pracují se všemi geny seřazenými podle p-hodnoty nebo statistiky.

Podle skupiny genů, kterou analyzujeme, pak rozeznáváme metody:

1. Uzavřené: Analyzujeme jen v rámci genů v sadě. Nulová hypotéza H₀ zní: Žádné geny z množiny genů nejsou odlišně exprimované.
2. Kompetitivní: Porovnání se všemi geny v experimentu. H₀: Geny v genové množině nejsou více odlišně exprimované než ostatní geny v experimentu.