Kontrola kvality

Vzhledem k tomu, že tento druh čipů má pouze jeden kanál, většina kontroly kvality a normalizace se provádí vzhledem k ostatním čipům v experimentu. Některé nástroje kontroly kvality využívají statistiky, které jsou výsledkem modelování na pozadí normalizovaných intensit sond. Kontrolu kvality a normalizaci proto nebudeme rozdělovat na uvnitř čipu a mezi čipy, jako u dvoukanálových cDNA experimentů, ale na kontrolu sond a mikročipů.

Zde si načteme další datový soubor, na kterém budeme demonstrovat kontrolu kvality. Jedná se o data akutní lymfoblastické leukemie (Ross a kol., 2004). Soubor je součástí balíku ALLMLL a je již ve formátu AffyBatch.

> library(ALLMLL)

> data(MLL.B)

> is(MLL.B)

"AffyBatch"        "eSet"             "VersionedBiobase" "Versioned"

Pro ilustraci z dat vybereme pouze osm mikročipů a jejich názvy změníme na čísla.

> Data = MLL.B[,c(1:7,14)]

> sampleNames(Data) = c(1:7,14)