Normalizace mezi mikročipy

Ačkoli jsou všechny čipy skenovány stejným skenerem a máme v rámci každého čipu upraveny technické vlastnosti, není distribuce intenzit signálu mezi čipy stejná. Je to jednak důsledkem biologických rozdílů mezi vzorky, ale především důsledkem různých množství mRNA a mírně odlišné manipulace se vzorky, dokonce i když je proces v laboratoři dobře standardizován.

Snažíme se tedy sjednotit rozložení M hodnot jednotlivých čipů z experimentu. Je důležité, aby se normalizovali všechny čipy naráz a ne podle porovnávaných skupin, jinak by nebylo možno zjistit, zdali v dalších analýzách nalezené rozdíly v genové expresi jsou biologické, nebo pouze důsledkem normalizace. Proces normalizace mezi mikročipy tedy probíhá podobně jako proces normalizace v rámci čipu, a tedy pomocí centralizace a škálování.