Kvantilová normalizace
Je založena na pořadí pozorování, a je tedy neparametrická. Kvantilovou normalizaci můžeme provést buď na skupině všech genů, nebo pouze na skupině vybraných kontrolních genů. V druhém případě se normalizace provede pouze na vybrané skupině genů, a pak jsou lineární interpolací odhadovány zbývající intenzity spotů u každého čipu.
Princip kvantilové normalizace spočívá ve sjednocení hodnot všech kvantilů mezi normalizovaným a referenčním mikročipem. Algoritmus je nasledující:
- U každého mikročipu seřaď naměřené hodnoty signálu (exprese) všech sond od nejmenší po největší.
- Urči referenční rozložení, podle kterého se budou normalizovat ostatní mikročipy. Existuje více možností:
-
Vytvoření referenčních hodnot jako průměru signálů expresí všech normalizovaných mikročipů
-
Jednoduché stanovení jednoho z mikročipů jako reference
-
- Pro každou pozici j v tomto seřazeném seznamu (j=1...K, kde K je počet sond na mikročipu) nahraď hodnotu exprese sondy na pozici j u každého z normalizovaných mikročipů hodnotou exprese na pozici j referenčního mikročipu.
Hodnoty exprese každého čipu jsou tak permutacemi hodnot exprese referenčního čipu a rozložení mezi čipy je stejné.
