Úvod

DNA mikročip je mikročip složen z krátkých DNA sekvencí (oligonukleotidů) imobilizovaných rovnoměrně na pevný podklad, používaný k detekci DNA nebo RNA (obvykle ve formě cDNA) ve vzorku (viz obrázek 2.1).

Fragmenty DNA/cDNA ze vzorku se párují s komplementárními řetězci sond na mikročipu a tím dochází k jejich imobilizaci. Takto imobilizované molekuly cDNA, předtím označeny fluorescenčním barvivem se pak dají detekovat s pomocí UV skeneru jako signál, který vytvoří obraz, který se následně analyzuje speciálními programy, které signál kvantifikují.

Nejčastěji se používá k

• Měření změn v hladinách genové exprese (gene expression profiling, detekce RNA pomocí cDNA) – expresní mikročipy
• Detekci strukturních změn genomu (změny v počtě kopií genů, nebo jednonukleotidové polymorfizmy) – arrayCGH, SNP arrays
• Detekci vazebných míst proteinů na DNA – ChIP-on-chip
• Detekci alternativního sestřihu (exon junction arrays) nebo přesnou detekci neznámých nebo nepredikovaných transkriptů (tiling arrays)

Jednotlivé kroky mikročipového experimentu si popíšeme v následující kapitole.

Obr. 2.1: Vizualizace rozdělení spotů a sond u cDNA mikročipového sklíčka.