Moderní technologie analýzy genomu a proteomu a jejich datové výstupy

Cílem molekulární biologie je studium genomu, transkriptomu a proteomu. K tomuto účelu bylo vytvořeno mnoho laboratorních technik. Obecně lze techniky molekulární biologie rozdělit na dvě hlavní skupiny, na metody klasické a vysokopokryvné (high - throughput, high - density). Klasické metody jsou považovány za přesnější, jsou ovšem schopny analyzovat pouze omezený počet molekul v jednom experimentu. Vysokopokryvné metody mohou naopak analyzovat tisíce molekul v jednom experimentu (v jednom vzorku), ale za cenu snížené přesnosti. Standardním postupem bývá využití vysokopokryvných metod ke zkoumání potenciálních markerů a potvrzení omezeného počtu vybraných kandidátů klasickými metodami. PCR (polymerázová řetězová reakce) a její varianty (RT-PCR, real-time PCR, kvantitativní PCR,…), FISH (fluorescenční hybridizace in-situ) a její varianty (M-FISH, SKY,…), CGH (komparativní genomová hybridizace), westernový, northernový a Southernův přenos nebo gelová elektroforéza jsou jen některé ze základních klasických metod.

Téměř každá vysokopokryvná metoda byla vyvinuta na základě jedné z výše uvedených klasických metod. Mikročipy používají hybridizační koncept metody southernového přenosu, arrayCGH lze považovat za vylepšení mikročipů o CGH, 2-D gelovou elektroforézu za zdokonalení jednoduché elektroforézy atd. Existuje velké množství literatury dobře popisující klasické a vysokopokryvné molekulárně biologické techniky. My se v následujícím textu zaměříme pouze na popis těch, kterým se budeme věnovat v tomto učebním textu.