Sumarizace a vytvoření finálního datového souboru
Normalizované hodnoty jednotlivých sond u cDNA mikročipů je potřeba ještě sumarizovat, protože některé sondy jsou na čipu z důvodů kontroly kvality spotovány vícekrát. Obvyklou sumarizací je průměr, protože replikátů sond je obvykle poměrně málo. Je vhodné (viz tabulka 3.1) vypočítat také standardní odchylku, která spolu s mediánem může sloužit k dalšímu rozhodování o kvalitě sond. Například sondy s příliš vysokou variabilitou (poslední řádek tabulky 3.1) nelze považovat za reliabilní a proto bychom je měli z analýzy vyřadit.
V případě, že některé z replikátů byly analýzou obrazu, nebo naší vlastní následnou kontrolou kvality, označeny za nekvalitní, máme dvě možnosti – buď budeme pracovat se zbývajícími replikáty (přičemž si uchováme informaci o počtě kvalitních replikátů, abychom mohli pak ad-hoc interpretovat správně výsledky), nebo sondy s pouze jedním replikátem vyřadíme.
Tab. 3.1: Ilustrace sumarizace replikátů sond u cDNA mikročipů.
|
Sonda
|
Replikát
|
Průměr
|
Medián
|
SD
|
Počet
kvalitních
spotů
|
||
|
1
|
2
|
3
|
|||||
|
A_23_P347643
|
-0,186
|
-0,265
|
-0,313
|
-0,254
|
-0,265
|
0,052
|
3
|
|
A_23_P60243
|
0,523
|
flag
|
flag
|
0,523
|
0,523
|
0,000
|
1
|
|
A_23_P116057
|
0,039
|
-0,978
|
flag
|
-0,495
|
-0,495
|
0,500
|
2
|
|
A_23_P203743
|
-0,614
|
0,537
|
1,589
|
0,504
|
0,537
|
0,899
|
3
|
V další kapitole si představíme nástroje a metody kontroly kvality a normalizace u oligonukleotidových mikročipů.
