Předpoklady normalizace uvnitř čipu

Předpokladem většiny těchto metod je, že většina genů nemá odlišnou expresi mezi porovnávanými kanály, a proto celý shluk datových bodů by měl být centrován kolem diagonály (Cy5 vs Cy3 bodový graf), nebo kolem nuly (MA graf). To vyžaduje mikročipy s velkým počtem sond představujících transkripty z celého genomu.

V případě mikročipů s malým množstvím sond (desítky nebo stovky), nebo se sondami vybranými nenáhodně, s preferencí pro transkripty u kterých se očekává rozdíl v expresi, je nutné normalizaci provést na vybrané podskupině sond představujících transkripty s konstatní expresí. Takovou podskupinou jsou buď tzv. housekeeping geny¹, nebo například pozitivní kontroly.