![Logo Matematická biologie](images/logo-matbiol.png)
RMA konvoluce
RMA - Robustní vícečipový průměr, Anglicky Robust Multichip Average (RMA). Tato metoda, po které byl pojmenován jeden celý algoritmus normalizace dat zahrnující normalizaci mezi sklíčkami a následnou sumarizaci (Irrizary a kol, 2003), normalizuje PM hodnoty s pomocí globálního modelu rozdělení PM intensit sond. Pracuje tedy se všemi čipy v experimentu. Předpokladem této metody je, že PM hodnoty se skládají ze součtu dvou komponent: šumu B s normálním rozdělením (o průměru a variabilitě
) a signálu S s exponenciálním rozdělením (o průměru
). Pozorujeme-li intensitu Y, tak její normalizovaná hodnota je vypočtena následovně:
|
(4.10)
|
kde jsou hustota a distribuční funkce standardizovaného normálního rozdělení.
Opět funkce bg.correct umožňuje korekci na pozadí pomocí RMA:
> Data.bg.rma = bg.correct(Data, method="rma")