Kvantifikace signálu

U těchto čipů jsou všechny spoty čtvercové a těsně příléhají, ke kontrole kvality hybridizace (ve smyslu její specificity) se proto používá párový systém sond (na odhad pozadí jako u cDNA mikročipů). Pro každý spot na čipu obsahující sondu perfektní komplementarity k cílové sekvenci (anglicky perfect match probe, zkratka PM) existuje spot obsahující stejnou sondu, avšak se zaměněným nekomplementárním nukleotidem na 13. pozici (anglicky mismatch probe, zkratka MM, obrázek 2.2). Nekomplementární sonda měří intenzitu signálu nespecifické hybridizace, která v závislosti na algoritmu kvantifikace může nebo nemusí být započítána do odhadu signálu sondy.