Normalizace v rámci mikročipu

V rámci mikročipu korigujeme intensity signálů PM a/nebo MM sond tak, abychom odstranili prostorové efekty a šum pozadí. Protože ale máme k dispozici jenom jeden kanál, a v podstatě žádný prostor mezi spoty, korekce na pozadí u oligonukleotidových čipů není přesně to samé, jako odečítání pozadí u cDNA mikročipů (viz výuková jednotka Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů, Normalizace v rámci mikročipu). Je to spíše jakási směs prostorové normalizace PM a/nebo MM sond, jejíž dalším krokem může být odečtení intensit MM sond od PM. Odečítání MM hodnot by sice podle původní myšlenky mělo přispět k zlepšení odhadu opravdové exprese genu, avšak až v 30 % případů se stává, že hodnoty MM jsou vyšší než PM a jejich odečtení pak vyústí v negativní hodnoty. Některé metody korekce intensit signálů proto s MM hodnotami vůbec nepočítají.

Jiné metody, paradoxně, ke korekci hodnot uvnitř mikročipu používají rozložení intensit PM hodnot na všech čipech v experimentu.

My si zde představíme dvě nejběžněji používané metody použité v algoritmech MAS5.0 a RMA.