Základní kroky analýzy genomických a proteomických dat

V každém vysokopokryvném experimentu je v laboratoři aplikována řada postupných kroků vedoucích k vytvoření finálního produktu, který se stává zdrojem dat k analýze (mikročipové sklíčko s hybridizovanou DNA vzorků, 2-D gel se sérem …). Tyto kroky jsou specifické pro každou technologii, avšak každý z nich je potencionálním zdrojem případného šumu ve finálních datech, proto je nutné se před analýzou dat s technologií, která je vyprodukovala, podrobně seznámit. Jedině tak budete schopni rozeznat potencionální zkreslení dat experimentálním faktorem a uspěšně se vyhnete nesprávné interpretaci výsledků na “špatných” datech.  Proto si v jednotlivých kapitolách přiblížíme metodologie, analýzou jejichž dat se budeme zabývat podrobně.

Cílem každé úpravy dat, jak již bylo stručně diskutováno v podkapitole Typy dat a potřeba jejich úpravy, je získat finální datový soubor, který je základem pro analýzy vedoucí k potvrzení nebo vyvrácení hypotézy, pro kterou byl experiment nastaven.

Jak jsme si popsali v kapitole Úvod, hypotézy genomických a proteomických experimentů se v podstatě neliší a proto můžeme navrhnout základní průběh analýzy dat, který je společný pro každý vysokopokryvný genomický nebo proteomický experiment. Takový postup ukazuje následující schéma.

Obr. 1.2 Schematická reprezentace základních kroků analýzy dat genomických a proteomických experimentů.