![Logo Matematická biologie](images/logo-matbiol.png)
Základní kroky analýzy genomických a proteomických dat
V každém vysokopokryvném experimentu je v laboratoři aplikována řada postupných kroků vedoucích k vytvoření finálního produktu, který se stává zdrojem dat k analýze (mikročipové sklíčko s hybridizovanou DNA vzorků, 2-D gel se sérem …). Tyto kroky jsou specifické pro každou technologii, avšak každý z nich je potencionálním zdrojem případného šumu ve finálních datech, proto je nutné se před analýzou dat s technologií, která je vyprodukovala, podrobně seznámit. Jedině tak budete schopni rozeznat potencionální zkreslení dat experimentálním faktorem a uspěšně se vyhnete nesprávné interpretaci výsledků na “špatných” datech. Proto si v jednotlivých kapitolách přiblížíme metodologie, analýzou jejichž dat se budeme zabývat podrobně.
Cílem každé úpravy dat, jak již bylo stručně diskutováno v podkapitole Typy dat a potřeba jejich úpravy, je získat finální datový soubor, který je základem pro analýzy vedoucí k potvrzení nebo vyvrácení hypotézy, pro kterou byl experiment nastaven.
Jak jsme si popsali v kapitole Úvod, hypotézy genomických a proteomických experimentů se v podstatě neliší a proto můžeme navrhnout základní průběh analýzy dat, který je společný pro každý vysokopokryvný genomický nebo proteomický experiment. Takový postup ukazuje následující schéma.
![](/res/image/analyza_genomickych_dat/v01-02.png)
Obr. 1.2 Schematická reprezentace základních kroků analýzy dat genomických a proteomických experimentů.