Porovnání metod

Metody dělící hranice versus metody celého seznamu:

U metod závislých na dělících hranicích je problém ten, že v případě, že povíme, že gen je pro nás významný už na 10% FDR, výsledek se změní. Dále ztrácíme informaci tím, že redukujeme p-hodnotu na binární proměnnou - významný gen/nevýznamný gen. Je rozdíl vědět, zda statisticky nevýznamné geny v naší množině jsou téměř signifikantní na hranici významnosti či vůbec ne. Navíc, p-hodnota je závislá na počtě vzorků a tedy pořadí může být lepší alternativa obzvlášě u experimentů s malým počtem vzorků.

Metody uzavřené versus kompetitivní:

Výsledky kompetitivních testů závisí na počtu testovaných genů (např. genů na mikročipovém sklíčku a předcházejícím filtrování). Na malém mikročipovém sklíčku, kde jsou změněny všechny geny, kompetitivní metoda nenajde žádné odlišně exprimované množiny genů. Kompetitivní testy dávají obecně méně významných genů než metody uzavřené.