Úvod

V předcházející výukové jednotce - Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů jsme si představili grafické a statistické nástroje kontroly kvality a úpravy a normalizaci základních datových matic z cDNA mikročipových experimentů. Mnohé principy, které jsme si tam definovali, jsou aplikovatelné také u oligonukleotidových experimentů, ovšem existují podstatné rozdíly, které si samozřejmě podrobněji popíšeme.

Také v této výukové jednotce budeme pracovat s příklady v R a Bioconductor, kde pro analýzu affymetrix čipů existují speciální balíky funkcí. Tyto balíky pracují se speciální datovou strukturou AffyBatch, kterou si definujeme na začátku kapitoly. Pak si popíšeme jednotlivé metody kontroly kvality, normalizace a sumarizace základních datových matic až po vytvoření matice finální.

Hlavním rozdílem v porovnání s cDNA mikročipy je, že pracujeme na úrovni sond, které představují pouze část cílové sekvence, která je představována sadou 11 až 20 sond (viz výuková jednotka Princip a analýza obrazu DNA mikročipů, Rozdělení mikročipů). Rozlišujeme tedy dvě úrovně základních datových matic – úroveň sondy (anglicky probe level) a úroveň sady sond (anglicky probeset level). V té poslední jsou sondy reprezentující stejný transkript sumarizovány do jediného čísla. Různé techniky sumarizace si představíme také. Úroveň sady sond oligonukleotidového experimentu je tedy ekvivalentní úrovni sond cDNA mikročipového experimentu. Také platí, že jeden transkript (gen) může být reprezentován několika sadami sond, podobně jako u cDNA experimentů může být pro něj navrženo několik různých sond.