Princip segmentačních metod

Segmentační metody jsou nejčastější, jejich princip si vysvětlíme níže:

1. Takhle vypadá profil arrayCGH pro analýzu, hodnoty log2ratio jsou seřazeny od prvního chromozomu po poslední.

2. V prvním kroku segmentační analýzy obvykle dochází k vyhlazení dat pomocí regrese. Tento krok pomáhá znížit šum a zlepší tak výsledky analýzy.

3. Po vyhlazení nastává segmentace, nebo také detekce tzv. "bodů zlomu". Body zlomu určují segmenty, které by měli oddělovat segmenty s geny se stejným počtem kopií (průměrným log2ratio).

4. Když už jsou známé regiony se stejným počtem kopií genů, nastává fáze, kde se musí určit počet kopií genů.